Sipas vlerësimeve nga burime të shumta të pavarura, në konfliktet e armatosura në Kroaci janë vrarë dhe janë zhdukur midis 21.000 dhe 23.000 persona. Nga numri i tërësishëm, janë vrarë dhe zhdukur midis 14.000 dhe 16.000 civilë të kombësisë kroate dhe pjesëtarë forcave të armatosura të Republikës së Kroacisë (kryesisht) të kombësisë kroate dhe rreth 7.000 civilë të kombësisë serbe, të pjesëtarëve të Ushtrisë së Republikës së Srpska Krajinës dhe pjesëtarë të ish APJ-së, të cilët në kohën e luftës i kanë pasur vendbanimet në Kroaci (kryesisht të kombësisë serbe).
Deklaratat e para mbi vrasjet dhe zhdukjet e serbëve gjatë dhe pas operacioneve të ushtrisë kroate, hulumtuesit i kanë marrë në gjysmën e dytë të vitit 1995. Hulumtuesit e FDH-së i kanë marrë saktësisht 45 deklarata nga dëshmitarët okular dhe nga anëtarët e familjeve të personave të vrarë dhe të zhdukur serb gjatë operacionit të ushtrisë Kroate, Vetëtima, në maj të vitit 1995, derisa 107 deklarata i kanë marrë prej të mbijetuarve dhe anëtarëve të familjeve të viktimave gjatë dhe pas operacionit Stuhia të ushtrisë kroate dhe MPB-së së Kroacisë në muajin gusht të vitit 1995. Me mbledhjen e të dhënave kanë vazhduar në muajin mars të vitit 2012. Me përfundim në datën 31 gusht të vitit 2012, ekipi i përbërë prej pesë anëtarëve ka intervistuar 266 dëshmitar dhe anëtarë të familjeve të të vrarëve dhe të të zhdukurve, të cilët jetojnë në Serbi. Në periudhën e njëjtë, i kanë mbledhur 306 dokumente dhe 250 fotografi të viktimave.
Të dhënat në dispozicion flasin që në Maqedoni gjatë konfliktit të armatosur nga janari deri në fund të dhjetorit 2001 jetën kanë humbur rreth 200 njerëz.
Projekti Humbjet njerëzore në konfliktet e armatosura në ish Jugosllavi është menduar si një regjistrim i viktimave të krimeve të luftës, i pjesëtarëve të vrarë të formacioneve të armatosura gjatë aksioneve luftarake dhe i personave të zhdukur gjatë luftës ose në lidhje me të. Sipas vlerësimeve nga më shumë burime të pavarura, në luftërat në ish Jugosllavi janë vrarë rreth 130.000 njerëz. Sipas të dhënave të Komitetit Ndërkombëtarë të Kryqit të Kuq (KNKK), të datës 30 gusht të vitit 2012, ende bëhen kërkime për mbetjet mortore të 12.656 personave. Për 1.762 persona të zhdukur është vërtetuar se janë vrarë – lokacionet e varrezave të tyre janë të njohura, por nuk janë të zhvarrosur. Fati i 10.894 personave ende është i panjohur.
Në Bosnjë e Hercegovinë 8.603 persona edhe më tutje konsiderohen si të zhdukur. Republika e Kroacisë ende i kërkon 2.282 persona, të zhdukur në periudhën 1991–1995. Numri i tërësishëm i personave të zhdukur gjatë konfliktit në Kosovë, sipas KNKK, është 1.771, përkatësisht 1.842 sipas Fondit për të Drejtën Humanitare. Të dhënat e FDH-së tregojnë se në mesin e të zhdukurve, shqiptarë janë 1.326, kurse 516 janë serb, romë dhe pjesëtarë të tjerë të bashkësive etnike jo-shqiptare.
Regjistrimi emër për emër i të gjithë të vrarëve dhe i të zhdukurve në luftëra në ish Jugosllavi zhvillohet si projekt rajonal, në realizimin e të cilit marrin pjesë FDH, FDH Kosovë, Documenta dhe Qendra hulumtuese-dokumentuese (QHD), që në muajin gusht të vitit 2012 e ka përfunduar regjistrimin e të vrarëve dhe të të zhdukurve në luftë në BeH. Sipas të dhënave të QHD, në konfliktet e armatosura në BeH, në periudhën 1992–1995, janë vrarë rreth 95.000 shtetas të BeH.
Nё Obrinё e Epёrme nё Kosovё, me 26.09.1998, forcat serbe kanё vrarё 27 civilё, duke mos i kursyer as fёmijёt.
Me rastin e Ditёs Ndёrkombёtare tё tё zhdukurve, FDH u bёnё thirrje institucioneve tё Serbisё qё t’i zbulojnё lokacionet e mbetura tё varrezave tё fshehta dhe tё ratifikojnё Konventёn Ndёrkombёtare pёr mbrojtjen e tё gjithё personave nga zhdukjet e dhunshme. FDH thёrret institucionet e Kosovёs dhe tё shteteve tjera nga ish Jugosllavia t’i zbulojnё lokacionet e mbetura tё varrezave tё fshehta dhe t’ua mundёsojnё familjeve tё tyre qё t’i varrosin nё mёnyre tё dinjitetshme mё tё dashurit e tyre.
Fondi për të Drejtën Humanitare me datë 23 gusht 2010 ngriti kallëzim penal pranë Prokurorisë për krime lufte të Republikës së Serbisë kundër pjesëtarëve të Ushtrisë së Jugosllavisë (UJ), Ministrisë së Punëve të Brendshme (MPB) dhe grupeve kriminale nën kontroll të UJ-së dhe MPB-së, përgjegjëse për krime lufte të kryera ndaj shqiptarëve në fshatrat Pavlan dhe Zahaq dhe në fshatrat tjera përreth komunës së Pejës gjatë viteve 1998 dhe 1999.