Në bazë të marrëveshjes me Sekretariatin e Tribunalit Penal Ndërkombëtar për ish-Jugosllavinë (TPNJ), FDH në shkurt të vitit 2005 filloi më kopjimin e arkivit publik të kësaj gjykate, në mënyrë që të krijojë kushte për studiuesit, gazetarët, viktimat, familjet të viktimave dhe individët e interesuar nga ish-Jugosllavia që të kenë qasje në këtë material të vlefshëm. Arkivi TPNJ-së është një burim i vlefshëm i të dhënave që mund të ndihmojnë në fillimin e procedurave penale kundër kryerësve të krimeve të luftës, hapjen e dialogut social për të kaluarën dhe edukimin e të rinjve për të kaluarën.

Arkivi i FDH-së ka audio-video regjistrime të gjykimeve të tanishme  para TPNJ-së si dhe gjykimet të kryera, në gjuhët BHS. Gjithashtu, në Arkiv të FDH-së ruhen regjistrimet e dëshmive të dëshmitarëve në tri raste gjyqësore [S.Milosheviq, M.Milutinoviq e të tjerë, dhe R. Haradinaj e të tjerë.] në gjuhën shqipe.

Përveç audio-video incizimeve të gjykimeve, Arkivi i FDH-së gjithashtu përmban dokumentacionin në formën e provave të paraqitura gjatë gjykimit para TPNJ-së të cilat gjinden në bazën e të dhënave të gjykatës – NP [p.sh deklaratat e dëshmitarëve, raportet e ekspertëve, urdhrat, raportet nga beteja, etj] .

Prej vitit 2005 deri më dhjetor 2022, FDH në arkivin e saj barti gjithësej 9742 të të gjitha ditëve të gjykimeve të mbajtura në formatin DVD dhe 115.746 dokumente nga baza e të dhënave të gjykatës.

FHP-THA-IT-04-84:  Video arkivi i gjykimit në TPNJ, rasti i Ramush Haradinajt dhe të tjerëve

FHP-THA-IT-05-87:  Video arkivi i gjykimit  në TPNJ, rasti i Millan Millutinoviq dhe të tjerëve