FHP prikuplja podatke o ratnim zločinima i kršenjima ljudskih prava koja su počinjena u kontekstu jugoslovenskih ratova. Arhiva FHP danas predstavlja najveću kolekciju dokumenata, audio-video zapisa i fotografija na ovu temu u regionu, sa oko 185.000 dokumenata i multimedijalnih sadržaja.
Poseban deo arhive čini kompletna kolekcija snimaka suđenja pred Međunarodnim krivičnim sudom za bivšu Jugoslaviju/Međunarodnim rezidualnim mehanizmom za krivične sudove, kao i kolekcija dokaznih predmeta izvedenih u postupcima pred ovim sudovima.
Arhiva čuva i dokumentaciju sa suđenja za ratne zločine u Srbiji i regionu, dokumentaciju o kršenjima ljudskih prava u Srbiji tokom 1990-ih godina, medijsku i dokumentaciju u vezi zahteva za povraćaj stanarskih prava izbeglica i raseljenih lica.
Važan deo arhive predstavljaju izjave žrtava i svedoka ratnih zločina, kao i registar ljudskih gubitaka koji FHP razvija u saradnji sa partnerima iz drugih post-jugoslovenskih država.
