Temelj organizacije i njenog programa je Baza podataka o ratnim zločinima. U nju se unose dokumenti čiji je primarni izvor FHP (izjave svedoka, usmene istorije, izveštaji sa suđenja), transkripti sa suđenja pred Haškim tribunalom i nacionalnim sudovima, izjave svedoka prema pravilu 92bis, dokazi, forenzički i medicinski izveštaji, izveštaji eksperata, organizacija za ljudska prava i vlada, podaci iz knjiga i publikacija koji se tiču povreda međunarodnog humanitarnog prava, i dr.
U 2007. gidini Baza podataka se najviše razvijala preko projekta Kosovska knjiga pamćenja ali i preko projekata Praćenje domaćih suđenja za ratne zločine, Transfer haške arhive i Reparacije za kršenje ljudskih prava u prošlosti.
Od januara 2005. godine, kada je Baza podataka postala funkcionalna, pa do 31. decembra 2007. godine, uneto je 7.789 dokumenata. FHP je primarni izvor 5.853 dokumenata [5.101 izjava svedoka, 568 izveštaja, 184 dopisa, saopštenja, žalbi, publikacije i drugo], a 1936 dokumenta potiču sa suđenja za ratne zločine . U Bazu podataka uneto je i 2094 fotografija žrtava.
Od 1. januara 2007. godine do 31. decembra 2007. godine u Bazu podataka je uneto ukupno 2.447 dokumenata u elektronskoj formi: 2149 dokumenta je proizveo FHP, a 298 su sudska dokumentacija .

